1988年12月20日，公布《中國科學(xué)院自然科學(xué)獎勵(lì)條例》及《實(shí)施細(xì)則》，設(shè)立“中國科學(xué)院自然科學(xué)獎”。這是全國第一個(gè)正式頒設(shè)的與國家自然科學(xué)獎相對應(yīng)、以獎勵(lì)科學(xué)理論研究成果為獎勵(lì)客體的省部級科學(xué)獎。中國科學(xué)院自然科學(xué)獎主要獎勵(lì)在自然科學(xué)基礎(chǔ)研究和應(yīng)用基礎(chǔ)研究領(lǐng)域取得的具有重大科學(xué)價(jià)值、對推動科學(xué)技術(shù)發(fā)展有重要意義的科學(xué)理論研究成果；分設(shè)一、二、三等獎三個(gè)獎級，每年獎授一次。1989年頒授了第一屆中國科學(xué)院自然科學(xué)獎。