2004年10月11日，中科院上海巴斯德研究所舉行揭牌儀式，法國總統(tǒng)希拉克、中國科學(xué)院副院長陳竺、上海市副市長唐登杰共同為研究所揭牌。2004年12月中國科學(xué)院與德國馬普學(xué)會合作創(chuàng)立計(jì)算生物學(xué)伙伴研究所，成為中科院上海生命科學(xué)研究院所屬研究所之一，這是我國首個(gè)計(jì)算生物學(xué)研究所。計(jì)算生物學(xué)所設(shè)3個(gè)實(shí)驗(yàn)室，實(shí)驗(yàn)室實(shí)行主任負(fù)責(zé)制，不設(shè)立專門的所長位置，由實(shí)驗(yàn)室主任以年度輪換制的方式行使所長職責(zé)。