第一任院長：郭沫若，1949年10月—1978年6月
　　副院長：陳伯達(dá)，1949年10月—1973年8月
　　　　　　李四光，1949年10月—1971年4月
　　　　　　陶孟和，1949年10月—1960年4月
　　　　　　竺可楨，1949年10月—1974年2月
　　　　　　吳有訓(xùn)，1950年2月—1977年11月
　　　　　　張稼夫，1953年1月—1956年5月
　　　　　　張勁夫，1956年5月—1967年1月
　　　　　　裴麗生，1960年3月—1967年1月
　　　　　　方　毅，1977年1月—1979年7月
　　　　　　童第周，1978年3月—1979年3月

第二任院長：方　毅，1979年7月—1981年5月
　　副院長：李　昌，1978年3月—1981年5月
　　　　　　周培源，1978年3月—1981年5月
　　　　　　胡克實(shí)，1978年3月—1981年5月
　　　　　　嚴(yán)濟(jì)慈，1978年3月—1981年5月
　　　　　　華羅庚，1978年3月—1981年5月
　　　　　　錢三強(qiáng)，1978年3月—1981年5月

第三任院長：盧嘉錫，1981年5月—1987年1月
　　副院長：錢三強(qiáng)，1981年5月—1984年3月
　　　　　　胡克實(shí)，1981年5月—1984年3月
　　　　　　馮德培，1981年5月—1984年3月
　　　　　　李  薰，1981年5月—1983年3月
　　　　　　嚴(yán)東生，1981年5月—1987年1月
　　　　　　葉篤正，1981年5月—1984年3月
　　　　　　周光召，1984年3月—1987年1月
　　　　　　孫鴻烈，1984年3月—1987年1月

第四任院長：周光召，1987年1月—1997年7月
　　副院長：孫鴻烈，1987年1月—1992年10月
　　　　　　滕　藤，1987年1月—1988年4月
　　　　　　李振聲，1987年9月—1992年10月
　　　　　　胡啟恒，1988年9月—1996年3月
　　　　　　王佛松，1988年9月—1994年9月
　　　　　　嚴(yán)義塤，1992年10月—1997年7月
　　　　　　許智宏，1992年10月—1997年7月
　　　　　　路甬祥，1993年12月—1997年7月
　　　　　　徐冠華，1994年9月—1995年4月
　　　　　　陳宜瑜，1995年3月—1997年7月
　　　　　　白春禮，1996年4月—1997年7月

第五任院長：路甬祥，1997年7月—至今
　　副院長：嚴(yán)義塤，2000年離任。
　　　　　　許智宏，2003年1月離任
　　　　　　陳宜瑜，2003年12月離任
　　　　　　白春禮，1997年7月任副院長，2004年12月—至今任常務(wù)副院長
　　　　　　楊柏齡，1999年5月—2003年12月
　　　　　　江綿恒，1999年11月—至今
　　　　　　陳　竺，2000年10月—2007年6月
　　　　　　施爾畏，2004年1月—至今
　　　　　　李家洋，2004年1月—至今
　　　　　　李靜海，2004年2月—至今
　　　　　　曹健林，2005年1月—2006年9月
　　　　　　詹文龍，2008年1月—至今
　　　　　　丁仲禮，2008年1月—至今
　　　　　　陰和俊，2008年1月—至今